Hola, hay una herramienta propia de Windows que examina el disco y puede solucionar este tipo de problemas, se llama CHKDSK, te dejo unos links donde hay más información.
Lamento no poder ayudarte más por ahora, cuando vuelva lo vemos con más tiempo, también alguien más te puede ayudar, asi que, date una vuelta de vez en cuando.
Información de Microsoft sobre CHKDSK.
Cómo ejecutar CHKDSK