Problemas con URL Amigables

Hola amigos tengo un jodido problema en una web, hace muy poco fui atacado por un virus dejando un código en la web, formatee el server e instale todo de nuevo, pero ahora tengo problemas mas grandes, resulta que cuando subo una nueva noticia Google me indexa de esta manera:

http://www.losdeltablon.com/index.php/c ... temid=3117

Cuando debería ser así:

http://www.losdeltablon.com/index.php?itemid=3117

He buscado alguna solucion pero no encuentro nada... y ya he perdido las esperazans...

Alguien me puede ayudar a solucionar esto?

Si es por un tema URLs amigales no deberías hacer así:

http://www.losdeltablon.com/index.php?itemid=3117

eso no es nada amigable, o estas bien confundido, lo correcto y amigable por amigo y por SEO es:

http://www.losdeltablon.com/titulo-de-tu-post/3117/

o bien:

http://www.losdeltablon.com/titulo-de-tu-post/

Igualmente no aclaras que CMS estas usando o si es un desarrollo propio, pero sea como sea debes configurar 2 elementos:

1) htaccess para soportar mod_rewrite

2) que el CMS o tu programación genere o refiera a URLs amigables

Hola amigo antes que nada muchas gracias por responder, bueno por URLs amigables lo siento me equivoque ya que alguna vez probe cambiando de URLs normale sa amigables y tuve un bajon importante en las visitas de mi sitio.

Bueno ahora el problema que necesito resolver es porque google esta idexando las URLs asi:

http://www.losdeltablon.com/index.php/c ... temid=3117

Cuando deberia ser asi:

http://www.losdeltablon.com/index.php?itemid=3117

Es lo unico que deseo es borrar de google esa URL grande y dejar la chica.

Yo utilizo Nucleus CMS y si mi server si soporta mod_rewrite, es mas quiero descativarlo para que mis URLs queden como son: index.php?itemid=3117

Ayudame por favor!!

Debe ser porque estás linkeando las largas desde algún lado..

Una forma de solucionarlo es tomando una url <link rel="canonical" href="URL" />
Dentro de los head..

Lo que debes hacer es una redirección 301 para las URLs que quieras dejar como definitiva.

Aunque si te importa el SEO y las visitas, cambia de hosting, y si te importa mucho.... cambia de CMS.