Lo del cPanel lo preguntaba porque desde ahí o algún panel similar, se puede crear un usuario FTP para que sólo pueda escribir en un determinado directorio y no en otros, que pensé que era lo que necesitabas.
Y después cuando comentaste lo de WordPress, recordé que una vez me pasó algo parecido con Mediatemple (el WordPress no se podía actualizar ni subir imágenes) y lo solucioné como
comentan aquí con unas opciones del cPanel.
Creo que en tu caso lo del punto 2 sería lo mejor y si funciona, luego ver para otros scripts.